Cloud SQLにある大量なテーブルをBigQueryに入れる話

経緯 こんにちは、データエンジニアのjcです。 昨年度から大規模なデータ分析基盤の構築に携わっています。最近Cloud SQLにある6つのDBの数百個のテーブルを日次洗い替えでBigQueryにあるデータ基盤に入れるタスクを取り組んでいます。 Cloud SQLとBigQuery両方ともGCPのサービスのため、federated queriesを利用すると簡単にできそうに見えますが、 https://cloud.google.com/bigquery/docs/federated-queries-intro 実際に行ってみると、以下の3つの課題を気づきました。 BigQuery側でスキーマ情報を含めたテーブルを一々作成するのは現実的ではない プロダクトの進化とともにテーブル・カラムが頻繁に作成・変更されるため、BigQuery側でも対応しないといけない Cloud SQLにあるテーブルの定義をそのまま取ってきてもBigQueryではMySQLとPostgreSQLの一部の型が対応されていない https://cloud.google.com/bigquery/docs/tables#sql_1 少し苦労していましたが、幸い解決方法を見つけました。 今後躓く方もいるかもしれないので、知見を共有したいと思います。 BigQuery側でスキーマ情報を含めたテーブルを一々作成するのは現実的ではない BigQueryはクエリの結果によってテーブルを作成できるので、事前にテーブルを作っておく必要がありません。 https://cloud.google.com/bigquery/docs/tables#sql_1 大量なテーブルを一々作成するのは現実的ではない課題の解決法としてはDBのメタ情報(descriptionを含めて)をそのまま生かしてテーブル作成用クエリを生成し、テーブルを作成します。 例えばPostgreSQLの場合、まずはテーブルのメタ情報 SELECT schemaname, relname AS table_name, obj_description(relid) AS description FROM pg_catalog.pg_statio_all_tables WHERE schemaname = '{YOUR_SCHEMA}' とカラムのメタ情報を取得します。 SELECT c.table_schema, c.table_name, c.column_name, c.data_type, pgd.description FROM pg_catalog.pg_statio_all_tables AS st INNER JOIN pg_catalog.pg_description pgd on ( pgd.objoid = st.relid ) RIGHT JOIN information_schema.columns c ON ( pgd.objsubid = c.ordinal_position and c.table_schema = st.schemaname and c....

February 2, 2023 Â· Me

Airflowで構築したワークフローを検証する

データ基盤の監視 データ基盤は下流の分析・可視化・モデリングの「基盤」となるので、監視は言うまでもなく品質を担保するため重要な存在です。データ基盤監視の考え方についてこの2つの記事が紹介しています。 https://tech-blog.monotaro.com/entry/2021/08/24/100000 https://buildersbox.corp-sansan.com/entry/2022/08/18/110000 同じくSQLによるデータ基盤を監視しており、最も大きな違いは自作ツールかAirflowで検証することだけです。本文はAirflowで構築したワークフローの検証についてもう少し紹介したいと思います。 まず、Data Pipelines Pocket Referenceではデータ基盤検証の原則が紹介されました。 Validate Early, Validate Often 要はできるだけ早く、できるだけ頻繁に検証するとのことです。ELTあるいはETL処理においては、Extract, Load, Transformそれぞれのステップが終了した直後に監視するのは最も理想的だと思います。 Transformはデータセットのコンテキストを把握しておかないと検証できないため、データセットごとに対応していく必要があります。ExtractとLoadはnon-contextで汎用的な検証ができるため、データ基盤構築の序盤からやっておいた方が安心だと思います。 Extractの検証 ストレージサービス(例えばGCS)をデータレイクにする場合、データソースからデータレイクにデータがちゃんとレプリケートされたかを検証するためにAirflowのairflow.providers.google.cloud.sensors.gcsを利用すると簡単にできます。 https://airflow.apache.org/docs/apache-airflow-providers-google/stable/_api/airflow/providers/google/cloud/sensors/gcs/index.html 一つのファイルをチェックする場合はほとんどないと思うので、GCSObjectExistenceSensorよりGCSObjectsWithPrefixExistenceSensorの方がもっと実用的でしょう。下記のタスクをExtractと次の処理の間に挟むと、障害の早期発見が期待できます。なお、Extract時点で既に障害が起きている場合はほとんどデータソース側の処理が失敗しているので、アプリケーション側と連携して作業する必要があります。 check_extract = GCSObjectsWithPrefixExistenceSensor( task_id="check_extract", bucket="{YOUR_BUCKET}", prefix="{YOUR_PREFIX}", ) Loadの検証 ELTとETL処理、Loadするタイミングは異なりますが、検証の方法(データがデータウェアハウスあるいはデータマートにロードされたか)は同じです。よく使われているデータウェアハウスサービスBigQueryだと、Airflowのairflow.contrib.operators.bigquery_check_operator.BigQueryCheckOperatorを利用できます。 https://airflow.apache.org/docs/apache-airflow/1.10.10/_api/airflow/contrib/operators/bigquery_check_operator/index.html#airflow.contrib.operators.bigquery_check_operator.BigQueryCheckOperator 下記のタスクをLoad処理の後ろに追加すれば良いです。 check_load = BigQueryCheckOperator( task_id="check_load", sql={YOUR_SQL}, use_legacy_sql=False, params={ "bq_suffix": Variable.get("bq_suffix"), "dataset": setting.bq.dataset, "table": setting.bq.table_name, }, location="asia-northeast1", ) SQLは検証用のクエリとなっており、BigQueryのメタデータテーブルがよく用いられます。例えばこの記事が紹介されたクエリでテーブルが空になっているかを確認できます。 SELECT total_rows FROM ${dataset_id}.INFORMATION_SCHEMA.PARTITIONS WHERE table_name = '${table_name}' ORDER BY last_modified_time DESC LIMIT 1; GCPについて簡単に説明しましたが、AWSとAzureも似たようなことはできるはずです。 皆さんのワークフロー設計にご参考になれば幸いです。

November 1, 2022 Â· Me

AirflowのBigQueryInsertJobOperatorのオプションについて

先日「AirflowでGCS外部パーティションテーブルをBigQueryに取り込む方法」についての記事を書きましたが、BigQueryInsertJobOperatorにフォーマットのオプションを追加する際に、実際の挙動は公式ドキュメントの記述と若干違うので、追記しておきます。 なぜ気づいたのか 外部テーブルを取り組む際に、閉じるカッコが見つからないというエラーが出て、 Error detected while parsing row starting at position: 4204. Error: Missing close double quote (") character. 調査してみた結果、改行記号が含まれているのが原因のようでした。stack overflowによるとallowQuotedNewlinesといったCSVのオプションを追加すると解決できるらしいです。 https://stackoverflow.com/questions/65782572/how-to-avoid-missing-close-double-quote-character-error-in-google-bigquer https://qiita.com/sawanoboly/items/410b3346518e569da581 ただし、configurationにcsvOptionsを追加しても解決されず(同じエラーが出た)、困っていました。 configuration={ "load": { "destinationTable": { "projectId": PROJECT_ID, "datasetId": DATASET_NAME, "tableId": TABLE, }, "sourceUris": ["gs://my-bucket/biostats/*.csv"], "autodetect": True, "sourceFormat": "CSV", "hivePartitioningOptions": { "mode": "AUTO", "sourceUriPrefix": "gs://my-bucket/biostats/", }, "csvOptions": { "allowQuotedNewlines": True }, } }, 解決法 CLI bq loadを利用す際にどうなっているかを確認したら、どうやらcsvOptionsを明示的に書く必要がなく--allow_quoted_newlinesだけ追加すとでうまくいきました。AirflowのBigQueryInsertJobOperatorで同じことをすると、問題なくloadできました。 configuration={ "load": { "destinationTable": { "projectId": PROJECT_ID, "datasetId": DATASET_NAME, "tableId": TABLE, }, "sourceUris": ["gs://my-bucket/biostats/*....

August 30, 2022 Â· Me

AirflowでGCS外部パーティションテーブルをBigQueryに取り込む方法

GCS外部パーティションテーブルをBigQueryに取り込む BigQueryでデータレイクを構築する際に、GCS、Google Drive Data、Bigtableから外部テーブルを取り組む場面は少なくないと思います。下記のような外部テーブルがパーティションで分けられている場合(Hive partitioned dataと呼ばれている)は少しややこしくなりますが、 gs://myBucket/myTable/dt=2019-10-31/lang=en/foo gs://myBucket/myTable/dt=2018-10-31/lang=fr/bar 公式ドキュメントは取り組み方をわかりやすくまとめてくれています。bqというcliでコマンド2行で解決できます。 https://cloud.google.com/bigquery/docs/hive-partitioned-queries-gcs#partition_schema_detection_modes テーブル定義を作成 bq mkdef \ --autodetect \ --source_format=CSV \ --hive_partitioning_mode=AUTO \ --hive_partitioning_source_uri_prefix=gs://your-bucket/your-table/ \ "gs://you-bucket/you-table/*.csv" > /tmp/MyTableDefFile テーブルを作成 bq mk --external_table_definition=/tmp/MyTableDefFile \ my_dataset.my_table Airflowで取り込むとどうなる? まず、簡単に背景を補足すると現在筆者が構築しているデータ基盤はCloud Composer (Airflow)でワークフローを管理しており、AirflowでGCSから外部テーブルを取り込むといった需要があります。パーティションではない普通のテーブルであれば、BigQueryCreateExternalTableOperator利用すると一発で解決できます。 しかし、パーティションのある場合はAirflowから事前用意された関数がなく(2022年7月時点)、他の方法を考えないといけないです。 GCP公式ドキュメントもConosole, bq, API, Java 4つの方法しか書いておらず、PythonのSDKはまだ実装されていないようです。 https://cloud.google.com/bigquery/docs/hive-partitioned-queries-gcs#creating_an_external_table_for_hive_partitioned_data BigQueryInsertJobOperatorを利用 いろいろ調査した結果、筆者と同じことに困っている人がいたようです。 https://github.com/apache/airflow/issues/13626 その下に Have you tried to use BigQueryInsertJobOperator? for example, see: #13598 「BigQueryInsertJobOperatorを使ってみたらどう?」というコメントがありました。 さらにリンク先のPR(なぜかクローズされた)に行くと、BigQueryInsertJobOperatorの例をまとめてもらっています。どうやら専用のSDKがない場合BigQueryInsertJobOperatorを使うのは普通らしいです。引数もやや雑で、そのままBigQueryのREST APIに叩くのと近い感じです。 https://airflow.apache.org/docs/apache-airflow-providers-google/stable/_api/airflow/providers/google/cloud/operators/bigquery/index.html#airflow.providers.google.cloud.operators.bigquery.BigQueryInsertJobOperator https://github.com/apache/airflow/pull/13598/files しかしながら、上記のPRは外部パーティションテーブルを取り組む例がなかったため、BigQuery APIのドキュメントを調べて、hivePartitioningOptionsというオプションを見つけました。これを追加すると、もしかしてうまくいくのではないかと思い、早速検証してみました。 https://cloud.google.com/bigquery/docs/reference/rest/v2/tables#hivepartitioningoptions データを用意 https://people.math.sc.edu/Burkardt/datasets/csv/csv.html から適当にcsvファイルをダウロードします。 biostats1.csv "Name", "Sex", "Age", "Height (in)", "Weight (lbs)" "Alex", "M", 41, 74, 170 "Bert", "M", 42, 68, 166 "Carl", "M", 32, 70, 155 "Dave", "M", 39, 72, 167 "Elly", "F", 30, 66, 124 "Fran", "F", 33, 66, 115 "Gwen", "F", 26, 64, 121 "Hank", "M", 30, 71, 158 "Ivan", "M", 53, 72, 175 "Jake", "M", 32, 69, 143 "Kate", "F", 47, 69, 139 "Luke", "M", 34, 72, 163 "Myra", "F", 23, 62, 98 "Neil", "M", 36, 75, 160 "Omar", "M", 38, 70, 145 "Page", "F", 31, 67, 135 "Quin", "M", 29, 71, 176 "Ruth", "F", 28, 65, 131 biostats1....

July 21, 2022 Â· Me